Am 9. Januar 1794 wüteten französische Revolutionstruppen im Dom. Sie plünderten und zerstörten was an liturgischem Gerät vorhanden war, Altäre und Gräber wurden geschändet. Zuletzt wurde am 19. Januar der Freiheitsbaum vor dem Dom aufgepflanzt und das Gnadenbild der Muttergottes mit dem Jesuskind auf den Domplatz gebracht und dort zerstört. Allein der Fuß des Jesuskindes blieb erhalten.
Nachdem die französischen Truppen am 31. März 1793 die Stadt Speyer, nach einem Sieg der Preußen bei Kreuznach, geräumt hatten, ritten am 27. Dezember 1793 erneut Vorboten des Revolutionsheeres durch das Altpörtel ein. Das Domkapitel floh nach Bruchsal, Teile des Archivs und des Domschatzes wurden an andere Orte verbracht und sollten nie wieder nach Speyer zurückkehren. Am 9. Januar begann die Plünderung des Doms. Nach zeitgenössischen Berichten wurden die Heiligenbilder herabgestürzt, die Sitze der Stuhlbrüder auf dem Königschor wurden zerschmettert, das kunstvoll geschnitzte Chorgestühl der Kanoniker wurde zerstört und die Altäre geschändet und zerschlagen.
Diese Zerstörungen trafen den Dom schwer, nachdem er im Pfälzischen Erbfolgekrieg 1689 bereits geplündert und teilweise zerstört worden war. Der Wiederaufbau und die Wiedereinrichtung in der Mitte des 18. Jahrhunderts waren noch nicht lange abgeschlossen, als der Dom im Zuge der französischen Revolution geplündert, säkularisiert und beinahe sogar dem Abriss Preis gegeben wurde. Die Ausmalung des 19. Jahrhunderts waren letztlich mit ein Versuch, dem Dom wieder eine prachtvolle Ausstattung zu schenken.
Die Besucher, welche heute den Dom besuchen, sind oft verblüfft, wie leer der Dom im Innern ist. Die wenigen vorhandenen Ausstattungsgegenstände wie das Gnadenbild, das große Triumphkreuz und die große, über dem Königschor hängende Krone stammen alle aus dem 20. Jahrhundert. Sie lehnen sich in ihrer Gestaltung an die Kunst der Romanik an. Damit passen sie zu der klaren architektonischen Gliederung, welche im Zuge der großen Domrestaurierung des 20. Jahrhunderts wieder sichtbar gemacht wurde. So beeindruckt der Dom heute vor allem durch die klare Formensprache, die harmonische Fügung der Bauteile und die Weite des Raums.